USB3.0接続のHDDへのファイル転送速度が途中で急激に低下する現象

小サイズのファイルを多数連続してコピーする場合はオーバーヘッドが大きいので、大サイズのファイルをコピーするより同じデータ量でもパフォーマンスはかなり悪くなりまが、巨大な（数GBの）ファイルのコピーでも途中からパフォーマンスが悪くなるのであればその問題ではないですね。

当該の USB ドライブで「クイック取り外し」が有効なら「高パフォーマンス」に変更して動作に違いが出るか試しても良いかも。

参考：NEC LAVIE公式サイト > サービス＆サポート > Q&A > Q&A番号 021428 (nec-lavie.jp)

挙げられた「考えられる原因」はいずれも該当しない様に思います。ありそうなことは、この質問には一切記載されていない、セキュリティ関連などのスタートアップサービスやバックグラウンドのアプリ、「ファイル移動」で使用したツールの影響ぐらいでしょうか。

原因の特定と解決に向けて、どのような手順で進めていけばよいのかご教示ください。

「本気で原因を特定したい場合」の手順です。仕事で様々な問題がありそうなHDDで、あるいは現象確認のため意図的にバッドブロックを作成して、似たような作業を何十回も試した事があります。原因が分からなかったことは一度もありません。

なお当然のことながら無用なトラブルや影響を避けるために、試験はLAN接続は切断して、余計なサービスやアプリは全て停止、クリーンブートで起動して実行します。

１．２セット以上の同型のUSB 3.0 変換アダプターと同型のHDDのセットを準備

２．問題のセットを含めて、まずは物理ファーマット(NTFS)し直して、CrystalDiskMark で繰り返し性能測定を実行（これが各セットの基本性能）、差異があれば個体差の問題。差異が大きい場合は故障。

３．差異が無いか少ない場合は、この問題が発生していた状況と同じファイルシステムの状態、つまりこの質問の問題の状況を作りだして、ご自身が納得が行くまで、繰り返しの性能試験。

上記を３番まで試して、さらに問題があればここで追加質問してください。

勿論、２セット以上のセットを用意するのが大変とか、試験が面倒という事で作業を諦めても構いません。

1: CMRでした
2: 1%のデフラグでした

5: 正常でした．．．
謎は深まりました

USB3.0で接続したHDDにファイルを移動していたところ、最初は高速で転送が進んでいたのですが、途中から突然速度が大幅に低下してしまいました。

1. HDDのキャッシュバッファが一杯になり、データの書き込み速度が低下した。
2. HDDの断片化が進んでいるため、データの書き込みに時間がかかっている。
3. USB3.0ケーブルや接続端子に問題がある。
4. 他のプロセスがHDDへのアクセスを行っており、転送速度に影響を与えている。
5. HDDの故障や劣化が始まっている。

1はキャッシュの不足が原因なら書き込み方式がSMRのHDDではないでしょうか？

2はドライブのデフラグと最適化で調べることができます。断片化していた場合はデフラグすることで改善できる場合があります。

5はCrystalDiskInfoなどのフリーソフトを使用して調べることができますがインストールする際は自己責任でお願いします。