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https://learn.microsoft.com/ja-jp/answers/questions/2100217/windows10-pac
でも回答していますが、優先順位としては
- WPAD による自動検出
- 手動で指定した pac ファイル
- 手動構成のプロキシ
となりますので、「1.」や「2.」の段階では「3.」で構成されているプロキシ情報は利用されません。したがって WPAD や手動指定で取得される pac ファイルは直接接続でアクセスできる必要があります。