チャブーンです。
この件ですが、レジストリとおっしゃっているのは、以下の値と理解しています。
https://atmarkit.itmedia.co.jp/ait/articles/1207/12/news146_4.html
- MaxPosPhaseCorrection
- MaxNegPhaseCorrection
こちらですが、Windows Timeが正式なNTP Client(RFC1305相当)として動作した場合に、影響を与える値のように思います。Windows Server 2012 R2で、上記とは別に「タスクスケジューラーによる強制同期」が、ワークグループ環境でデフォルトで設定されているのではないでしょうか?このタスクが動作している環境では、特定の間隔で強制的に時刻が同期されRFC1305相当の動作になりません。
上記の影響を排するには、Windows Timeの再起動では不十分です。以下のコマンドを実行して、タスクの影響を取り除いてみてください。
sc qtriggerinfo w32time →設定が入っていることを確認する
sc triggerinfo w32time delete →設定を削除する
sc qtriggerinfo w32time →設定が入っていないことを確認する
そのあと、通常の通りWindows Timeサービスの設定を変更します。詳細は以下の資料を参考にしてください。