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チャブーンです。
この件ですが、Active Directoryドメイン機能レベルはドメイン内、フォレスト機能レベルはフォレスト内(でのドメイン間)、での機能に関するものです。強いていうなら「フォレストの信頼」というフォレストルートドメイン間での信頼がフォレストレベルでの信頼、とできる機能がありますが、これはWindows Server 2003フォレスト機能レベルで有効となり、現在のWindowsではほとんど既定で有効な設定です。
したがって影響はない、といえると思います。