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Microsoft Download Center で月別の Windows Update が ISO イメージで提供されています。
「ダウンロードセンターを検索」で「YYYY 年 MM 月 セキュリティ リリース ISO イメージ」をキーワードに検索すると、該当の ISO ダウンロードページが表示されます。
例えば、2011/05 の Windows Update が必要であれば、「2011 年 5 月 セキュリティ リリース ISO イメージ」と検索します。
月ごとの ISO イメージなので、2年分とかを一気に適用しようとすると、かなりの手間になりますので、毎月こまめに適用されるのが良いかと思います。