KMS キーは基本的に下位互換がある(例えば Windows10 のキーでそれ以前の Windows 8.1 などのアクティベーションができる)ので、クライアントの認証については特に問題はないでしょう。
Windows Server 2016 がメンバー サーバーとして認証する場合は新しい「Windows2016までのライセンス認証キーを使用」した KMS サーバーに認証要求するよう DNS を構成しないとダメですが、どのように構成すべきかはネットワークや DNS サーバーの既存の環境によるので具体策のアドバイスはできません。
追加の質問があれば、Proly さんが書かれているように TechNet フォーラムに投稿してください。