事情は分かりました。
下のサイトにあるような不具合が発生しているということでしょうか。
<KB4493472 マンスリー ロールアップ 更新プログラム以降、PciClearStaleCache.exe が含まれなくなります・・・・・管理者は、2019 年4 月以降の更新プログラムをインストールするまえに、2018年4月11日(KB4093118) から2019年3月13日(KB4489878) の間にリリースされたいずれか1 つ以上のマンスリー ロールアップがインストール済みであることを確認する必要があります。 これらの各ロールアップ更新プログラムにPciClearStaleCache.exe が含まれています。>
前の返信にも書いたように月例更新は累積的更新ですから、次月以降の月例更新で置き換えられ新しい更新を適用すれば前月までの更新は必要なくなりますし、適用しようとしても適用できません。
<本来でしたら、「KB4499164」インストールで完了なのですが>
ということが分からないのですが、KB4499164(2019年5月15日)以前にKB4493472(2019 年4月10日)の月例更新は適用していないのでしょうか(適用されていれば、これもアンインストールする必要があると思うのですが・・)?
また、KB4499164以降も月例更新は行われていますが、これらの更新は行っていないということでしょうか?
上のサイトにあるようにKB4493472 (2019 年4 月10 日)以降の月例更新を行う前に[KB4489878]を更新する必要がありますので、KB4499164(5月)を含み6月以降の月例更新が更新されていれば同じように[KB4489878]は適用できなくなります。
KB4499164以降の更新も行っている状態で[KB4489878]をインストールするためには、インストールされている更新プログラムを新しいものから順にアンインストールしていく必要がありますが、かなり前の状態まで戻していくということになるので場合によってはシステムの不整合を起こす心配があります。
なお、Hebikuzureさんのアドバイスにあるように、TechNet フォーラムへの投稿もしているということなので、そちらで情報を待つということであれば、こちらでの投稿は止めにしますのでお知らせください。
サーバー特有の問題があるとかサーバー特有の解決策があるとすれば、TechNet フォーラムで続けた方がいいのかなぁ??