Azure のデータ通信ではエグレス(Azure から外部)のトラフィックに課金されますが、イングレス(外部から Azure へ)には原則課金されません。Windows Update でイングレス(Windows Update サーバーから 仮想ネットワークへ)の通信が発生しても、課金の対象ではありません。
もちろん大規模な仮想ネットワークを構成される場合は、オンプレミスの場合と同様 WSUS を構成する、配信の最適化を利用するなどのトラフィック削減策を考えた方が良いでしょう(課金というよりパフォーマンスの問題で)。