「この操作を実行するアクセス許可が必要です。
このフォルダーを変更するには、MSI\Ownerからアクセス許可が必要です。」
このメッセージは OneDrive とは無関係です。
フォルダーを作成したのが Owner というアカウント(Windows へのサインインアカウント)で、現在削除しようとしているアカウントがこれとは異なるので、このメッセージが表示されています。
一番簡単な方法は Owner アカウントで Windows にサインインして当該のフォルダーを削除することです。Owner アカウントでのサインインは行えないのでしょうか?