>クリーンインストールの場合、どちらに紐づくのでしょうか?
>インストールの過程で選べたりしないと思いますし。
なぜ出来ないと決めつけるのでしょう?
自作用M/Bならクリーンインストールを始める際にプロダクトキーの入力を求められます。
必ず通る道であり、探さないと見つからないものではありません。
また、ここではプロダクトコードを入力せずインストールするも可能です。
インストール後は、設定>更新とセキュリティ>ライセンス認証の画面の「プロダクトキーの変更」で設定・変更できます。
しかし、クリーンインストールの場合、古いリンクを削除しないと、プロダクトキーが使用中とされ、新しくインストールしたWindowsで認証できないので、Microsoftアカウント|デバイスで、古いデバイスを削除してください。 https://account.microsoft.com/devices?refd=account.microsoft.com
逆に、予め削除しておけば、クリーンインストール時にはプロダクトキー無しで進め、インストールの過程でMicrosoftアカウントでサインインすれば、自動的に空いているプロダクトコードを割り当ててくれるようです。
ここで2つ空いている場合にどうなるかは調べていません。