ファイル共有のサービスは Server サービスです。
ファイル共有の仕組み – Server サービスと Workstation サービス – (microsoft.com)
> 再起動後もアクセス権に変更がないことを確認したい
全てのファイルとフォルダーのアクセス権(DACL)を再起動前に記録しておき、再起動後に記録したものと突き合わせる、ということになるでしょうが、Windows の標準の機能でそれを行うのは現実的ではありません。
> アクセス権の設定ファイル
Windows (NTFS) にはそんなものはありません。
どうしてもすべてのアクセス権をチェックしたければ、サードパーティ製品のツールを使いましょう。
※Windows Server に関する質問は本来は Technet フォーラム - Windows Server (microsoft.com) に投稿してください。ただし TechNet フォーラムは登録後30日間は質問を開始できないので、急ぐ場合は英語で windows-server - Microsoft Q&A に投稿してください。