Hebikuzure さんも指摘されていますが、そもそもの問題の認識と対応策が間違っています。
実施された、[これまでの対応内容] はいずれも「16GBとか32GB等のまともな今時の容量のメモリーを搭載して」いれば、ディスクIOへの負荷は無いサービスばかりです。
挙げられた主要サービスの停止運用は普通のユーザーでは考えない事なので、アプリケーションのベンダーか、どこかのコンサルタントに相談した上でのことだと推測しますが、それにしても筋が悪過ぎます。プチフリーズする現象は、よほどの作りが悪い使用しているアプリケーションの問題か、サードパーティー製のウィルスチェックソフト等の別の要因の可能性が高いと思います。
より正確なアドバイスをここで得たいのであればまず、その問題が発生しているPCのハードウェア仕様(CPU, メモリー容量、ディスク構成等)とWindows バージョン等の詳細仕様とアプリケーション名を明らかにしてはいかがでしょう。
私は今まで多くの会社の様々な業務用Windows PCの機能改善、性能向上やドライバー開発や改良を請け負って来た経験がありますが、正直言ってWindows 98, 2000やWindows XPの頃からを含めても、この様な現象と「主要サービスを停止して運用」などという、おかしな対応方法は聞いたことがありません。それほどおかしな質問です。