OneNoteはデスクトップ版(旧OneNote2016)、OneNote for Windowsどちらをお使いでしょう。
どちらも実態データはhttps://www.onenote.com/notebooksに収納されています。
基本はここを消さなければ修理後すぐに復元同期できます。
またスマホのOneNoteアプリでもいつでも確認できます。
前者はOfficeスィートアプリごとアンインストール(どうせ初期化されてしまうので)してしまえば良いでしょう。
PC から Office をアンインストールするーMicrosoft
オプション 2 - アンインストール サポート ツールを使用して Office を完全にアンインストールする
これでレジストリからキャッシュまで消えます。
重要:Officeアプリの再インストール方法を熟知した上で行ってください。
OneNote for Windowsはアンインストール方法が異なります。いずれにしろこちらもデータは同期されているのでアンインストールしてもいいでしょう。

ここからOneNote for Windowsはアンインストール
※ここに出ているOfficeは別物です。
ただ下手な考え休むに似たりで
- 修理に出すとまず初期化されてしまう。
- 修理作業員は目の前の積み上がっている修理品の山で邪な考えなど持つ時間もない。
- どこのメーカーかはわかりませんがコンプライアンスは企業信用です。
- OneNoteやEvernoteなどメモ系のどんなアプリでもクラウド保存だし、紙は自分で無くすしでセキュリティ面では変わりません。
大きなお世話ですが少し神経質すぎないかと。