> 事象発生が確認できているのは「1 つのファイルだけ」
当該ブック内のどこかが破損しているものと思われます。
ブックは、簡略表記すれば下記構成となります。
書かれている切り分けでは、Worksheetオブジェクト配下が破損していれば
Worksheetコピーでは破損内容もコピーしていまいます。
Workbookオブジェクト ┬ Worksheetオブジェクト ┬ Cellオブジェクト
└ ... ├ Chartオブジェクト
└ Shapeオブジェクト
Worksheet単位で切り分けた上で、更にシート内のどのオブジェクトが破損しているかを
調べる必要があると思いますが、時間と労力は膨大になる筈です。
新規ブックに、既存ブックの内容をコピーではなく「値をコピー」して再作成した方が良いかと思います。