ユーザーがサブスクリプション、アカウント設定、課金情報を管理するのに役立つ Microsoft 365 の機能。
Entra ID の管理画面で1人ごとに登録する方法は
Microsoft Entra 多要素認証の認証方法を管理する - Microsoft Entra ID | Microsoft Learn
で確認されているかと思います。
この操作は、PowerShell で可能ですので、スクリプトとユーザーのリストを用意して自動化することは可能ですね。
Microsoft Graph を使用してユーザーの認証方法を管理する" - Microsoft Graph | Microsoft Learn
なお、Authenticator の登録は必ずユーザー側での操作が必要なため、自動化できません。