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チャブーンです。
この件ですが、私が知る限りですが「Entra ID AppのSAML設定解除」に特段のベストプラクティスといったものは、聞いたことがありません。一般論ですが、「設定の削除」を行う場合、以下のようなノウハウは存在します。
- 万一問題が発生した場合のundo(設定の書き戻し)を行う方法を確認しておく
- 設定の解除で「予期しない動作(セキュリティホール等)」を起こさないよう機能はすべて削除する
上記になぞらえると、たとえばアプリの「割り当て」だけを解除した場合、だれかが管理者権限を取得し、該当アプリの割り当てを再構成した場合、セキュリティホールが発生し、大変な問題が起こります。アプリそのものを削除すれば、Entra IDとアプリの関連性自体がないため、(少なくとも)このような問題は起こりません。攻撃者は見知らぬ外部ではなく、社内のメンバーもいることを考えれば、妥当な対応のように思われます。