ビジネス環境でクラシック Outlook for Windows を使用する
自動応答の設定は、メールアカウント単位なので当該アカウントでは全て同じ挙動となります。
> 全社員のメールアカウント、部門のメールアカウントがあります
それらの正体は何ですか?
配付リスト 或いは グループメールボックス あたりでしょうか?
それらを共有メールボックスに移行 或いは メールの写しを個人メールポックスにコビーしない様に運用面で変更してください。
配付リスト、共有メールボックスはExchange管理者でないと作成出来ないし変更も出来ません。
Exchange管理者に相談すれば、適切なアドバイスや支援を受けられる筈です。
(あなたのメール環境を把握していない人では、設定された内容を分からないまま推測だらけのアドバイスしか出来ません。)