書かれている質問文では RDS CAL がユーザー CAL なのかデバイス CAL なのか不明ですが、いずれの場合も RDS CAL インストール前に発行されたライセンスから正式なライセンスへの切り替えは自動的に行われます。
具体的には、一時ライセンスは期限があるのでその期限切れの際に正式なライセンスに置き換えられます。ユーザー CAL なのかデバイス CAL なのかによって動作は少し異なりますが、自動的に置き換わる点では同じです。以下の Microsoft ドキュメントを参照してください。
厳密にいえば上の文書に書かれているように、ユーザー CAL の場合は RDS CAL があろうがなかろうがセッション ホストに接続するライセンスが発行されます。適切な数量の RDS CAL を保有することはユーザーの自主的な管理で、信頼ベースでの運用となっています。