特定のアプリだけで更新する度に問題が起きるとすればアプリ側での改善を待つしかないかもしれませんが、次のような代替策を試してみてもいいかもしれません。
デスクトップのショートカットを右クリックして「プロパティ」を選択し、「ショートカット」タブの[アイコンの変更]でアイコンを変更する。
好みのアイコンが見つからない場合は、自分で探した画像からアイコン(.ico)ファイルを作成して指定する。
アイコンファイルはアプリを使えば簡単に作成できますので、作成方法はネット検索して調べてください。
画像の例:
インストールした結果などを含めストアアプリの仕様はよく分かりませんので、あれこれいじらない方が無難かもしれませんが、スタートメニューとタスクバーのアイコンは正常でshell:AppsFolderとデスクトプアイコンだけに問題があるとすれば次のようなことも試してみてもいいかもしれません。
次の方法でショートカットを作成する。
WindowsAppsフォルダーは通常では開くことができないので、アクセス権の変更で「所有者」を変更する必要があります。
変更前にシステムの復元ポイントを作成して、一連の作業が終わったらシステムの復元で元に戻しておいた方がいいと思います。
C:\Program Files\WindowsAppsから実行ファイル(.exe)が見つかれば、右クリックして「ショートカットの作成」でデスクトップにショートカットを作成してみる(作成してもそこから起動できるものとできないものがあります)。
ショートカットが作成できないとか作成できても起動できない場合は、デスクトプアイコンのアイコン変更で実行ファイル(.exe)を指定して変更できるかもしれませんし、アイコン(.ico)ファイルが見つかればそれを指定して変更するとかアイコン(.ico)ファイルをコピー保存して保存したアイコンを指定することもできると思います。