残念ながら、Windows Server 2016 の ESU はすべて有償での提供となります。Azure に移行した場合でも、Azure の従量課金として ESU のコストが請求されます。
- Microsoft Services: Pricing Consistency Update | Microsoft Licensing Resources
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オンプレのまま利用する場合には、AzureARCと接続を行う事で、月額でのARCの費用が発生する認識でよろしいでしょうか?
これはその通りです。ESU のコストも Arc の利用料金として加算されて請求されます。
オンプレミスで使い、ARC接続する際には、オンプレ側のWindowsServerとCALには、ソフトウェアアシュアランス(SA)は必要でしょうか?
オンプレミスの場合は、SA が必須です。
なお、従量課金の ESU の価格は以下を参照してください。