Microsoft Genomics: veelgestelde vragen

Geef in het config.txt-bestand van de Microsoft Genomics-service de process_name op gatk4. Houd er rekening mee dat u tegen normale factureringstarieven wordt gefactureerd.

U kunt de uitvoer vcf of gvcf comprimeren met een optioneel argument voor uitvoercompressie. Dit komt overeen met uitvoeren-bgzip, gevolgd door -tabix op de vcf- of gvcf-uitvoer, om bestanden (bgzip-uitvoer) en .tbi (tabix-uitvoer) te produceren .gz . bgzip comprimeert het vcf- of gvcf-bestand en tabix maakt een index voor het gecomprimeerde bestand. Het argument is een Booleaanse waarde die standaard is ingesteld false op vcf-uitvoer en true op standaard voor gcvf-uitvoer. Als u dit wilt gebruiken op de opdrachtregel, geeft u -bz of --bgzip-output op als true (voer bgzip en tabix uit) of false. Als u dit argument wilt gebruiken in het config.txt-bestand, voegt bgzip_output: true u het toe of bgzip_output: false aan het bestand.

We garanderen dat de Microsoft Genomics-dienst ten minste 99,9% van de tijd beschikbaar is voor het ontvangen van verzoeken van de workflow-API. Zie SLA voor meer informatie.

Microsoft Genomics factureert op basis van het aantal gigabases dat per werkstroom wordt verwerkt. Ga voor meer informatie naar Prijzen.

U kunt een volledige lijst met beschikbare opdrachten en argumenten ophalen door deze uit te voeren msgen help. Als er geen verdere argumenten worden opgegeven, ziet u een lijst met beschikbare Help-secties, één voor elk vansubmit, listen cancel.status Als u hulp wilt krijgen voor een specifieke opdracht, typt msgen help commandu; bijvoorbeeld een msgen help submit lijst met alle verzendopties.

De meestgebruikte opdrachten zijn argumenten voor de msgen client:

Ga naar Azure Portal en open uw Genomics-accountpagina. Kies toegangssleutels onder de kop Beheer. Daar vindt u zowel de API-URL als uw toegangssleutels.

Ga naar Azure Portal en open uw Genomics-accountpagina. Kies toegangssleutels onder de kop Beheer. Daar vindt u zowel de API-URL als uw toegangssleutels.

U hebt twee toegangssleutels nodig als u ze wilt bijwerken (opnieuw genereren) zonder het gebruik van de service te onderbreken. Als u bijvoorbeeld de eerste sleutel wilt bijwerken, moet u alle nieuwe werkstromen de tweede sleutel gebruiken. Wacht vervolgens tot alle werkstromen met de eerste sleutel zijn voltooid voordat u de eerste sleutel bijwerkt.

Uw opslagaccountsleutel wordt gebruikt om kortetermijntoegangstokens te maken voor de Microsoft Genomics-service om uw invoerbestanden te lezen en de uitvoerbestanden te schrijven. De standaardtokenduur is 48 uur. De duur van het token kan worden gewijzigd met de optie van de -sas/--sas-duration opdracht verzenden. De waarde is in uren.

Nee Microsoft Genomics slaat geen klantgegevens op.

Deze verwijzingen worden ondersteund:

msgen begrijpt configuratiebestanden in de volgende indeling:

• Alle opties worden geleverd als sleutel-waardeparen met waarden gescheiden van sleutels door een dubbele punt. Witruimte wordt genegeerd.

• Regels die beginnen met # worden genegeerd.

• Elk opdrachtregelargument in de lange indeling kan worden geconverteerd naar een sleutel door de voorloopstreepjes te verwijderen en streepjes tussen woorden te vervangen door onderstrepingstekens. Hier volgen enkele conversievoorbeelden:

  Opdrachtregelargument	Regel configuratiebestand
  -u/--api-url-base https://url	api_url_base:https://url
  -k/--access-key KEY	access_key:KEY
  -pa/--process-args R=B37m1	process_args:R-b37m1

Volgende stappen

Gebruik de volgende bronnen om aan de slag te gaan met Microsoft Genomics:

• Ga aan de slag door uw eerste werkstroom uit te voeren via de Microsoft Genomics-service. Een werkstroom uitvoeren via de Microsoft Genomics-service
• Verzend uw eigen gegevens voor verwerking door de Microsoft Genomics-service: gekoppelde FASTQ | BAM | meerdere FASTQ of BAM