Dit artikel bevat de belangrijkste query's die u mogelijk hebt gerelateerd aan Microsoft Genomics. Zie Wat is Microsoft Genomics? voor meer informatie over de Microsoft Genomics-service. Zie onze Gids voor probleemoplossing voor meer informatie over het oplossen van problemen.
Hoe kan ik GATK4-werkstromen uitvoeren op Microsoft Genomics?
Geef in het config.txt-bestand van de Microsoft Genomics-service de process_name op naar gatk4
. Houd er rekening mee dat u tegen normale factureringstarieven wordt gefactureerd.
Hoe kan ik uitvoercompressie inschakelen?
U kunt de uitvoer vcf of gvcf comprimeren met behulp van een optioneel argument voor uitvoercompressie. Dit komt overeen met het uitvoeren -bgzip
van gevolgd door -tabix
op de vcf- of gvcf-uitvoer, om bestanden (bgzip-uitvoer) en .tbi
(tabix-uitvoer) te produceren .gz
. bgzip
comprimeert het vcf- of gvcf-bestand en tabix
maakt een index voor het gecomprimeerde bestand. Het argument is een booleaanse waarde, die standaard is ingesteld false
op voor vcf-uitvoer en true
op standaard voor gcvf-uitvoer. Als u dit wilt gebruiken op de opdrachtregel, geeft u -bz
of --bgzip-output
op als true
(voer bgzip en tabix uit) of false
. Als u dit argument wilt gebruiken in het bestand config.txt, voegt u bgzip_output: true
of bgzip_output: false
toe aan het bestand.
Wat is de SLA voor Microsoft Genomics?
We garanderen dat de Microsoft Genomics-service 99,9% van de tijd beschikbaar is voor het ontvangen van werkstroom-API-aanvragen. Zie SLA voor meer informatie.
Hoe wordt het gebruik van Microsoft Genomics weergegeven op mijn factuur?
Microsoft Genomics factureert op basis van het aantal verwerkte gigabases per werkstroom. Ga voor meer informatie naar Prijzen.
Waar vind ik een lijst met alle mogelijke opdrachten en argumenten voor de msgen-client?
U kunt een volledige lijst met beschikbare opdrachten en argumenten ophalen door uit te voeren msgen help
. Als er geen verdere argumenten worden opgegeven, wordt een lijst met beschikbare Help-secties weergegeven, één voor elk van submit
, list
cancel
, en status
. Als u hulp wilt krijgen voor een specifieke opdracht, typt msgen help command
u ; bijvoorbeeld, msgen help submit
een lijst met alle verzendopties.
Wat zijn de meest gebruikte opdrachten voor de msgen-client?
De meest gebruikte opdrachten zijn argumenten voor de msgen
client zijn:
Opdracht | Beschrijving van veld |
---|---|
list |
Retourneert een lijst met taken die u hebt verzonden. Zie voor argumenten msgen help list . |
submit |
Verzendt een werkstroomaanvraag naar de service. Zie voor argumenten msgen help submit . |
status |
Retourneert de status van de werkstroom die is opgegeven door --workflow-id . Zie ook msgen help status . |
cancel |
Hiermee wordt een aanvraag verzonden om de verwerking van de werkstroom te annuleren die is opgegeven door --workflow-id . Zie ook msgen help cancel . |
Waar vind ik de waarde voor '--api-url-base'?
Ga naar Azure Portal en open uw Genomics-accountpagina. Kies onder de kop Beheerde optie Toegangssleutels. Daar vindt u zowel de API-URL als uw toegangssleutels.
Waar vind ik de waarde voor '--access-key'?
Ga naar Azure Portal en open uw Genomics-accountpagina. Kies onder de kop Beheerde optie Toegangssleutels. Daar vindt u zowel de API-URL als uw toegangssleutels.
Waarom heb ik twee toegangssleutels nodig?
U hebt twee toegangssleutels nodig voor het geval u deze wilt bijwerken (opnieuw genereren) zonder het gebruik van de service te onderbreken. Als u bijvoorbeeld de eerste sleutel wilt bijwerken, moet u alle nieuwe werkstromen de tweede sleutel laten gebruiken. Wacht vervolgens totdat alle werkstromen met de eerste sleutel zijn voltooid voordat u de eerste sleutel bijwerkt.
Slaat u de sleutels van mijn opslagaccount op?
De sleutel van uw opslagaccount wordt gebruikt om kortetermijntoegangstokens te maken voor de Microsoft Genomics-service om uw invoerbestanden te lezen en de uitvoerbestanden te schrijven. De standaardtokenduur is 48 uur. De duur van het token kan worden gewijzigd met de -sas/--sas-duration
optie van de verzendopdracht. De waarde is in uren.
Slaat Microsoft Genomics klantgegevens op?
Nee. Microsoft Genomics slaat geen klantgegevens op.
Welke genoomverwijzingen kan ik gebruiken?
Deze verwijzingen worden ondersteund:
Referentie | Waarde van -pa/--process-args |
---|---|
b37 | R=b37m1 |
hg38 | R=hg38m1 |
hg38 (geen alternatieve analyse) | R=hg38m1x |
hg19 | R=hg19m1 |
Hoe kan ik mijn opdrachtregelargumenten opmaken als een configuratiebestand?
msgen begrijpt configuratiebestanden in de volgende indeling:
Alle opties worden aangeboden als sleutel-waardeparen met waarden gescheiden van sleutels door een dubbele punt. Witruimte wordt genegeerd.
Regels die beginnen met
#
worden genegeerd.Elk opdrachtregelargument in de lange indeling kan worden geconverteerd naar een toets door de voorloopstreepjes te verwijderen en streepjes tussen woorden te vervangen door onderstrepingstekens. Hier volgen enkele conversievoorbeelden:
Opdrachtregelargument Configuratiebestandsregel -u/--api-url-base https://url
api_url_base:https://url -k/--access-key KEY
access_key:SLEUTEL -pa/--process-args R=B37m1
process_args:R-b37m1
Volgende stappen
Gebruik de volgende resources om aan de slag te gaan met Microsoft Genomics:
- Ga aan de slag door uw eerste werkstroom uit te voeren via de Microsoft Genomics-service. Een werkstroom uitvoeren via de Microsoft Genomics-service
- Verzend uw eigen gegevens voor verwerking door de Microsoft Genomics-service: gekoppelde FASTQ | BAM | meerdere FASTQ of BAM