ImmuneCODE-database

Notitie

Belangrijke update van mei 2025: Beste community, we willen u informeren over een toekomstige wijziging met betrekking tot de geopende genomics-gegevenssets die momenteel beschikbaar zijn via Azure. Na zorgvuldige overweging hebben we besloten om onze focus te verplaatsen naar nieuwe initiatieven die onze gemeenschap beter zullen dienen en in overeenstemming zullen zijn met onze langetermijndoelstellingen. Daarom wordt de toegang tot de Genomics open datasets op Azure in de komende maanden stopgezet. We begrijpen dat deze gegevenssets waardevol waren voor onderzoek, ontwikkeling en leren, en we waarderen de bijdragen en betrokkenheid van onze community in de loop van de tijd diep. Bedankt voor uw begrip en ondersteuning.

De ImmuneCODE-database™, die honderden miljoenen T-cel receptor (TCR) reeksen van meer dan 1.400 onderwerpen blootgesteld aan of geïnfecteerd met het SARS-CoV-2 virus, en meer dan 160.000 hoge betrouwbaarheid SARS-CoV-2-specifieke TCRs. De database is gratis toegankelijk. De gegevens kunnen worden geanalyseerd om wereldwijde initiatieven te helpen die gericht zijn op het begrijpen van de immuunrespons op het SARS-CoV-2-virus en het maken van nieuwe interventies. Raadpleeg de bijbehorende publicatie voor meer informatie over de gegevensset.

De nieuwste ImmuneCODE-gegevenssets die beschikbaar zijn, bevatten: Release 002.

• De 1486 patiënten blootgesteld aan of geïnfecteerd met het SARSCoV-2 virus: ImmuneCODE-Repertoires-002.2.
• De voorbeeldmetagegevens: ImmuneCODE-Repertoire-Tags-002.2.tsv (572 KB) Release 002.2.
• De hoge betrouwbaarheid SARS-CoV-2-specifiek (meer dan 160.000): ImmuneCODE-MIRA-Release 002.1.
• De voorbeeldmetagegevens: ImmuneCODE-Repertoire-Tags-002.2.xlsx (352 KB) release 002.2.

Notitie

Microsoft biedt Azure Open Datasets op basis van 'zoals is'. Microsoft geeft geen garanties, uitdrukkelijk of impliciet, garanties of voorwaarden met betrekking tot uw gebruik van de gegevenssets. Voor zover toegestaan volgens uw lokale wetgeving, wijst Microsoft alle aansprakelijkheid af voor eventuele schade of verliezen, waaronder directe, gevolgschade, speciale, indirecte, incidentele of strafbare gegevenssets, die het gevolg zijn van uw gebruik van de gegevenssets.

Deze gegevensset wordt geleverd onder de oorspronkelijke voorwaarden dat Microsoft de brongegevens heeft ontvangen. De gegevensset kan gegevens bevatten die afkomstig zijn van Microsoft.

Gegevensbron

Deze gegevensset is een mirror van https://clients.adaptivebiotech.com/pub/covid-2020

Gegevensvolumes en updatefrequentie

Deze gegevensset bevat ongeveer 228 GB aan gegevens en wordt dagelijks bijgewerkt.

Opslaglocatie

Deze gegevensset wordt opgeslagen in de Azure-regio's VS - west 2. Het toewijzen van rekenresources in VS - west 2 wordt aanbevolen voor affiniteit.

Toegang tot gegevens

VS - west 2: 'https://dataset1000genomes.blob.core.windows.net/dataset'

VS - west-centraal: 'https://dataset1000genomes-secondary.blob.core.windows.net/dataset'

Gebruiksrechtovereenkomst 

Raadpleeg de publicatie en gebruiksvoorwaarden voor meer informatie over de gebruiksvoorwaarden voor gegevens.

Contactpersoon

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7418738/

Volgende stappen

Bekijk de rest van de gegevenssets in de catalogus Open Datasets.