W tym artykule wymieniono najważniejsze zapytania, które mogą być związane z usługą Microsoft Genomics. Aby uzyskać więcej informacji na temat usługi Microsoft Genomics, zobacz Co to jest usługa Microsoft Genomics?. Aby uzyskać więcej informacji na temat rozwiązywania problemów, zobacz nasz przewodnik rozwiązywania problemów.
Jak mogę uruchamiać przepływy pracy GATK4 w usłudze Microsoft Genomics?
W pliku config.txt usługi Microsoft Genomics określ process_name na gatk4. Pamiętaj, że opłaty będą naliczane według regularnych stawek rozliczeniowych.
Jak mogę włączyć kompresję wyjściową?
Dane wyjściowe vcf lub gvcf można skompresować przy użyciu opcjonalnego argumentu kompresji wyjściowej. Jest to odpowiednik uruchamiania -bgzip , a następnie -tabix na danych wyjściowych vcf lub gvcf, aby tworzyć .gz (dane wyjściowe bgzip) i .tbi (dane wyjściowe tabix). bgzip kompresuje plik vcf lub gvcf i tabix tworzy indeks skompresowanego pliku. Argument jest wartością logiczną, która jest domyślnie ustawiona false dla danych wyjściowych programu vcf i domyślnie true dla danych wyjściowych gcvf. Aby użyć w wierszu polecenia, określ -bz lub --bgzip-output jako true (uruchom bgzip i tabix) lub false. Aby użyć tego argumentu w pliku config.txt, dodaj bgzip_output: true lub bgzip_output: false do pliku.
Jaka jest umowa SLA dla usługi Microsoft Genomics?
Microsoft gwarantuje, że przez 99,9% czasu usługa Microsoft Genomics będzie dostępna, aby odbierać żądania API związane z przepływem pracy. Aby uzyskać więcej informacji, zobacz Umowa SLA.
W jaki sposób użycie usługi Microsoft Genomics jest wyświetlane na rachunku?
Rachunki za usługę Microsoft Genomics oparte na liczbie gigabazy przetworzonych na przepływ pracy. Aby uzyskać więcej informacji, zobacz Cennik.
Gdzie można znaleźć listę wszystkich możliwych poleceń i argumentów dla klienta "msgen"?
Pełną listę dostępnych poleceń i argumentów można uzyskać, uruchamiając polecenie msgen help. Jeśli nie podano żadnych dalszych argumentów, zostanie wyświetlona lista dostępnych sekcji pomocy, po jednym dla każdego z submitelementów , list, canceli status. Aby uzyskać pomoc dotyczącą określonego polecenia, wpisz msgen help commandna przykład msgen help submit listę wszystkich opcji przesyłania.
Jakie są najczęściej używane polecenia dla klienta "msgen"?
Najczęściej używane polecenia to argumenty dla msgen klienta:
| Command | Opis pola |
|---|---|
list |
Zwraca listę przesłanych zadań. Aby uzyskać argumenty, zobacz msgen help list. |
submit |
Przesyła żądanie przepływu pracy do usługi. Aby uzyskać argumenty, zobacz msgen help submit. |
status |
Zwraca stan przepływu pracy określonego przez --workflow-id. Zobacz też msgen help status. |
cancel |
Wysyła żądanie anulowania przetwarzania przepływu pracy określonego przez --workflow-id. Zobacz też msgen help cancel. |
Gdzie mogę uzyskać wartość "--api-url-base"?
Przejdź do witryny Azure Portal i otwórz stronę konta usługi Genomics. W obszarze Zarządzanie wybierz pozycję Klucze dostępu. W tym miejscu znajdziesz zarówno adres URL interfejsu API, jak i klucze dostępu.
Gdzie mogę uzyskać wartość "--access-key"?
Przejdź do witryny Azure Portal i otwórz stronę konta usługi Genomics. W obszarze Zarządzanie wybierz pozycję Klucze dostępu. W tym miejscu znajdziesz zarówno adres URL interfejsu API, jak i klucze dostępu.
Dlaczego potrzebuję dwóch kluczy dostępu?
Potrzebujesz dwóch kluczy dostępu, jeśli chcesz je zaktualizować (ponownie wygenerować) bez przerywania korzystania z usługi. Jeśli na przykład chcesz zaktualizować pierwszy klucz, wszystkie nowe przepływy pracy powinny używać drugiego klucza. Następnie poczekaj na zakończenie wszystkich przepływów pracy przy użyciu pierwszego klucza przed zaktualizowaniem pierwszego klucza.
Czy zapisujesz klucze konta magazynu?
Klucz konta magazynu służy do tworzenia krótkoterminowych tokenów dostępu dla usługi Microsoft Genomics w celu odczytywania plików wejściowych i zapisywania plików wyjściowych. Domyślny czas trwania tokenu to 48 godzin. Czas trwania tokenu można zmienić przy -sas/--sas-duration użyciu opcji przesyłania polecenia; wartość jest wyrażona w godzinach.
Czy usługa Microsoft Genomics przechowuje dane klientów?
L.p. Usługa Microsoft Genomics nie przechowuje żadnych danych klientów.
Jakich odwołań genomu można użyć?
Te odwołania są obsługiwane:
| Odwołanie | Wartość -pa/--process-args |
|---|---|
| b37 | R=b37m1 |
| hg38 | R=hg38m1 |
| hg38 (brak analizy alternatywnej) | R=hg38m1x |
| hg19 | R=hg19m1 |
Jak mogę sformatować argumenty wiersza polecenia jako plik konfiguracji?
Program msgen rozumie pliki konfiguracji w następującym formacie:
Wszystkie opcje są udostępniane jako pary klucz-wartość z wartościami oddzielonymi od kluczy dwukropkiem. Białe znaki są ignorowane.
Wiersze rozpoczynające się od
#są ignorowane.Dowolny argument wiersza polecenia w długim formacie można przekonwertować na klucz, usuwając jego wiodące kreski i zastępując kreski między wyrazami podkreśleniami. Oto kilka przykładów konwersji:
Argument wiersza polecenia Wiersz pliku konfiguracji -u/--api-url-base https://urlapi_url_base:https://url -k/--access-key KEYaccess_key:KEY -pa/--process-args R=B37m1process_args:R-b37m1
Następne kroki
Skorzystaj z następujących zasobów, aby rozpocząć pracę z usługą Microsoft Genomics:
- Rozpocznij od uruchomienia pierwszego przepływu pracy za pośrednictwem usługi Microsoft Genomics. Uruchamianie przepływu pracy za pośrednictwem usługi Microsoft Genomics
- Prześlij własne dane do przetwarzania przez usługę Microsoft Genomics: parowane FASTQ | BAM | Multiple FASTQ lub BAM