Udostępnij za pośrednictwem

Przesyłanie przepływu pracy przy użyciu plików wejściowych FASTQ w usłudze Microsoft Genomics

  • Artykuł

W tym artykule pokazano, jak przesłać przepływ pracy do usługi Microsoft Genomics, jeśli pliki wejściowe są jedną parą plików FASTQ. W tym temacie założono, że użytkownik zainstalował i uruchomił klienta msgen oraz że zna sposób korzystania z usługi Azure Storage. Jeśli przepływ pracy został pomyślnie przesłany przy użyciu podanych przykładowych danych, możesz przystąpić do kontynuowania pracy w tym artykule.

Konfiguracja: przekazywanie plików FASTQ do magazynu platformy Azure

Załóżmy, że mamy dwa pliki, reads_1.fq.gz i reads_2.fq.gz, oraz że zostały one przekazane do konta magazynu myaccount na platformie Azure jako obiekty https://myaccount.blob.core.windows.net/inputs/reads_1.fq.gz oraz https://myaccount.blob.core.windows.net/inputs/reads_2.fq.gz. Masz adres URL interfejsu API i klucz dostępu. Chcesz uzyskać dane wyjściowe w lokalizacji https://myaccount.blob.core.windows.net/outputs.

Przesyłanie zadania do klienta msgen

Oto minimalny zestaw argumentów, jakie należy podać do klienta msgen; podziały wierszy zostały dodane z myślą o przejrzystości:

Dla systemu Windows:

msgen submit ^
  --api-url-base <Genomics API URL> ^
  --access-key <Genomics access key> ^
  --process-args R=b37m1 ^
  --input-storage-account-name myaccount ^
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --input-storage-account-container inputs ^
  --input-blob-name-1 reads_1.fq.gz ^
  --input-blob-name-2 reads_2.fq.gz ^
  --output-storage-account-name myaccount ^
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> ^
  --output-storage-account-container outputs

W przypadku systemu Unix:

msgen submit \
  --api-url-base <Genomics API URL> \
  --access-key <Genomics access key> \
  --process-args R=b37m1 \
  --input-storage-account-name myaccount \
  --input-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --input-storage-account-container inputs \
  --input-blob-name-1 reads_1.fq.gz \
  --input-blob-name-2 reads_2.fq.gz \
  --output-storage-account-name myaccount \
  --output-storage-account-key <storage access key to "myaccount"> \
  --output-storage-account-container outputs

Jeśli wolisz używać pliku konfiguracji, oto jego zawartość:

api_url_base:                     <Genomics API URL>
access_key:                       <Genomics access key>
process_args:                     R=b37m1
input_storage_account_name:       myaccount
input_storage_account_key:        <storage access key to "myaccount">
input_storage_account_container:  inputs
input_blob_name_1:                reads_1.fq.gz
input_blob_name_2:                reads_2.fq.gz
output_storage_account_name:      myaccount
output_storage_account_key:       <storage access key to "myaccount">
output_storage_account_container: outputs

Prześlij plik config.txt przy użyciu tego wywołania: msgen submit -f config.txt

Następne kroki

W tym artykule przekazano parę plików FASTQ do usługi Azure Storage i przesłano przepływ pracy do usługi Microsoft Genomics za pośrednictwem msgen klienta języka Python. Aby dowiedzieć się więcej na temat przesyłania przepływu pracy i innych poleceń, których można używać z usługą Microsoft Genomics, zobacz często zadawane pytania.