Patologia cyfrowa korzystająca z usługi DICOM

  • Artykuł

Patologia jest gałęzią nauki medycznej przede wszystkim o przyczynie, pochodzeniu i charakterze choroby. Obejmuje to badanie tkanek, narządów, płynów ciała i autopsji w celu badania i diagnozowania chorób.

Historycznie biopsje tkanek są przechowywane w szklanych slajdach i badane pod mikroskopem. Stwarza to wyzwania, gdy lekarze i patologowie muszą dzielić się informacjami na temat konsultacji i diagnostyki, a także badań.

Obrazowanie cyfrowe staje się coraz bardziej popularne w dziedzinie patologii jako sposób na wspieranie udostępniania obrazów poza laboratorium, trenowanie modeli sztucznej inteligencji/uczenia maszynowego i długoterminowe przechowywanie. Ta transformacja jest napędzana przez komercyjną dostępność instrumentów do cyfrowego przesuwania mikroskopu.

Obecnie cyfrowe skanery patologii zazwyczaj wyprowadzają obrazowanie do zastrzeżonych formatów. To komplikuje udostępnianie i trenowanie modeli sztucznej inteligencji/uczenia maszynowego, tępując wiele zalet cyfrowej. Aby ułatwić tę transformację, wiele organizacji zaczyna konwertować cyfrowe slajdy KtoTo le Slide Imaging (WSI) na standardowy format DICOM. Gdy te obrazy są w formacie DICOM®, obrazy te mogą być przechowywane w komercyjnych systemach PACS, gdzie można nimi zarządzać za pomocą narzędzi i procesów, które zostały udoskonalone przez dziesięciolecia przez radiologów.

Usługa DICOM dla patologii cyfrowej

Usługa DICOM obsługuje unikatowe wymagania patologii cyfrowej, takie jak:

  1. Skalowanie i wydajność wymagana do przekazania wystąpień DICOM patologii, które są wieloma gb rozmiaru.
  2. Szybki dostęp do ramek, aby umożliwić przeglądarce internetowej przesuwanie i powiększanie obrazów patologii DICOM bezproblemowo bez opóźnień ani rozmycia.
  3. Ekonomiczny sposób przechowywania obrazów długoterminowych po diagnozie na potrzeby archiwizacji i badań.

Diagram showing whole-slide imaging digitization and cloud storage.

Digitalizacji

Mimo że standard DICOM obsługuje teraz obrazy całego slajdu (WSI), wiele skanerów pozyskiwania nie przechwytuje obrazów w formacie DICOM. Usługa DICOM obsługuje tylko obrazy w formacie DICOM, dlatego konwersja formatu jest wymagana dla WSI w innych formatach. Istnieje kilka rozwiązań komercyjnych i open source do przeprowadzania tych konwersji formatów.

Oto kilka przykładów narzędzi typu open source do tworzenia własnego konwertera:

Storage

Każdy przekonwertowany system WSI powoduje serię DICOM z wieloma wystąpieniami.

Przekazywanie wsadowe

Biorąc pod uwagę większy rozmiar i liczbę wystąpień, które należy przekazać, zalecamy przekazanie wsadowe każdej serii lub partii przekonwertowanych WSI przy użyciu importu

Przekazywanie strumieniowe

Jeśli chcesz przekazać każdy plik podczas konwersji, możesz użyć żądania pojedynczej części STOW, jak pokazano poniżej.

Wymagania wstępne

curl -X POST \
    -H "Content-Type: application/dicom" \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/dicom+json" \
{service-url}/{version}/studies \
    --data-binary {dcmFile}.dcm

Przetestowaliśmy obsługę dziesiątek przekazywania GB w ciągu kilku sekund.

Pobieranie

Osoby przeglądające pobierają kafelki przechowywane jako ramki w wystąpieniu DICOM. Każde wystąpienie DICOM może zawierać wiele ramek. Zalecamy używanie równoległej ramki GET z jedną częścią w celu uzyskania lepszej wydajności.

Wymagania wstępne

curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/octet-stream; transfer-syntax=*" \
{service-url}/{version}/studies/{studyInstanceUid}/series/{seriesInstanceUid}/instances/{sopInstanceUid}/frames/{frameNumber} \
    --output {fileName}

Przetestowaliśmy obsługę pobierania kafelka 60 Kb w około 60-70 ms od klienta.

Osoby przeglądające

Zalecamy używanie dowolnej przeglądarki WSI, którą można skonfigurować przy użyciu usługi DICOMWeb i uwierzytelniania OIDC.

Przykładowa przeglądarka open source

Postępuj zgodnie z wytycznymi CORS, jeśli przeglądarka bezpośrednio wchodzi w interakcję z usługą DICOM

Znajdowanie partnera niezależnego dostawcy oprogramowania

Skontaktuj się z dostawcami oprogramowania, aby skontaktować się dicom-support@microsoft.com z naszymi partnerskimi dostawcami oprogramowania, które zapewniają kompleksowe rozwiązania i pomoc techniczną.

Następne kroki

Wdrażanie usługi DICOM na platformie Azure

Używanie interfejsów API DICOMweb z usługą DICOM

Uwaga

DICOM® jest zastrzeżonym znakiem towarowym National Electrical Manufacturers Association for its Standards publikacji odnoszących się do cyfrowej komunikacji informacji medycznych.