※godot自体に参照場所を指定するような設定項目は見当たりませんでした。
このアプリケーションの実装として、インポート元の既定値を既知のフォルダー(Known Folders)で「Documents」あるいは GUID {FDD39AD0-238F-46AF-ADB4-6C85480369C7} などとして指定していて、OneDrive のバックアップ設定で既知のフォルダーが OneDrive にリダイレクトされているのであれば、その動作は変えられないでしょう。
OneDrive で既知のフォルダーのバックアップを無効にすると、どうなりますか?