エピソード
metawRite: メタ分析結果の確認、書き込み、更新
代入 Natalia da silva
useR!2017: metawRite: meta...
キーワード: 生きている体系的レビュー, メタ分析, 光沢のある再現可能な研究
Web ページ: https://github.com/natydasilva/metawRite
体系的なレビューは、治療がどのように有効であるかを理解し、疾病管理ポリシーを設計するために使用されます。このアプローチは、世界保健機関などの公衆衛生機関によって使用されます。 文献の体系的なレビューには、多くの場合、複数の研究の結果を要約したメタ分析が含まれています。 このようなレビューは、新しい科学的情報が利用可能になるとすぐに更新することが重要であるため、治療のアドバイスに最適な証拠が使用されます。 ただし、体系的なレビューを発行するための現在のピアレビュージャーナルベースのアプローチは、レビューが急速に古くなる可能性があり、多くの場合、パブリケーション モデルによって更新が遅れることを意味します。 この問題に対処するための新しいアプローチとして、体系的なレビューが提案されています。 生きているレビューの主な概念は、新しい研究が利用可能になったときに体系的なレビューの迅速な更新を可能にするだけでなく、透明なプロセスと再現可能なレビューを確保することです。 生きている体系的なレビューへのアプローチは、 metawRiteという名前の R パッケージに実装されます。 目標は、レビューの記述と分析を組み合わせて、 R パッケージでのバージョン管理と更新を可能にすることです。 metawRite パッケージは、Webベースのディスプレイで利用可能な生きている体系的なレビューを表示するための簡単かつ効果的な方法を可能にします。 効果的な体系的なレビューを行うためには、3 つの主要なタスクが必要です。動的レポートを生成する機能、エンド ユーザーがデータを理解できるインターフェイスを使用したオンラインでの可用性、および新しい研究でレビュー (およびメタ分析) を効率的に更新する機能 (Elliott et al. 2014)。 metawRite パッケージは、最終的なユーザーのためのフレンドリーなWebベースの環境に統合されたこれら3つのタスクをカバーします。 このパッケージは新しいメタ分析パッケージではなく、 R (metafor (Viechtbauer 2010)、 meta (2007) など) で最も使用されているメタ分析パッケージからさまざまな出力モデルを読み取り、情報を整理し、結果をユーザー主導の対話型ダッシュボードに表示するのに十分な柔軟性を備えています。 このパッケージの主な機能は、最新の Web ベースのアプリケーションを表示して、生きている体系的なレビューを更新します。 このパッケージは、 R、 shiny (Chang et al. 2017) と knitr (Xie 2015) のパワーを組み合わせて、動的なレポートを取得し、最新のメタ分析結果をユーザー フレンドリに残します。 このパッケージは、教育介入をレビューする What Works クリアリングハウス (https://ies.ed.gov/ncee/WWC/) 、キャンベル コラボレーション https://www.campbellcollaboration.org など、社会的および刑事的な正義の問題、その他多くのソーシャル サイエンストピック、環境証拠のコラボレーション (http://www.environmentalevidence.org) や食品生産とセキュリティ (http://www.syreaf.org) などのトピックに関するレビューを含む、体系的なレビューを実施し、更新する多数のグループによって使用される可能性があります。
Chang、Winston、Joe Cheng、JJ Allaire、Yihui Xie、Jonathan McPherson を参照します。 2017。 Shiny: Web Application Framework for R. https://CRAN.R-project.org/package=shiny。
Elliott、Julian H、Tari Turner、Ornella Clavisi、James Thomas、Julian PT Higgins、Chris Mavergames、および Thomas L Gruen。 を参照してください。 「体系的なレビューを生きる:証拠と実践のギャップを狭める新たな機会」 PLoS Med 11 (2)。 科学の公共図書館: e1001603.
シュヴァルツァー、Guido。 2007. "メタ: メタ分析用の R パッケージ。" R ニュース 7 (3): 40 ~ 45。
ヴィヒトバウアー、ヴォルフガング。 2010. 「metafor Package を使用した R でのメタ分析の実施」 統計ソフトウェアのジャーナル 36 (3): 1-48. http://www.jstatsoft.org/v36/i03/.
Xie、Yihui。 2015。 R とニットを使用した動的ドキュメント。 Vol. 29. CRC を押します。
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キーワード: 生きている体系的レビュー, メタ分析, 光沢のある再現可能な研究
Web ページ: https://github.com/natydasilva/metawRite
体系的なレビューは、治療がどのように有効であるかを理解し、疾病管理ポリシーを設計するために使用されます。このアプローチは、世界保健機関などの公衆衛生機関によって使用されます。 文献の体系的なレビューには、多くの場合、複数の研究の結果を要約したメタ分析が含まれています。 このようなレビューは、新しい科学的情報が利用可能になるとすぐに更新することが重要であるため、治療のアドバイスに最適な証拠が使用されます。 ただし、体系的なレビューを発行するための現在のピアレビュージャーナルベースのアプローチは、レビューが急速に古くなる可能性があり、多くの場合、パブリケーション モデルによって更新が遅れることを意味します。 この問題に対処するための新しいアプローチとして、体系的なレビューが提案されています。 生きているレビューの主な概念は、新しい研究が利用可能になったときに体系的なレビューの迅速な更新を可能にするだけでなく、透明なプロセスと再現可能なレビューを確保することです。 生きている体系的なレビューへのアプローチは、 metawRiteという名前の R パッケージに実装されます。 目標は、レビューの記述と分析を組み合わせて、 R パッケージでのバージョン管理と更新を可能にすることです。 metawRite パッケージは、Webベースのディスプレイで利用可能な生きている体系的なレビューを表示するための簡単かつ効果的な方法を可能にします。 効果的な体系的なレビューを行うためには、3 つの主要なタスクが必要です。動的レポートを生成する機能、エンド ユーザーがデータを理解できるインターフェイスを使用したオンラインでの可用性、および新しい研究でレビュー (およびメタ分析) を効率的に更新する機能 (Elliott et al. 2014)。 metawRite パッケージは、最終的なユーザーのためのフレンドリーなWebベースの環境に統合されたこれら3つのタスクをカバーします。 このパッケージは新しいメタ分析パッケージではなく、 R (metafor (Viechtbauer 2010)、 meta (2007) など) で最も使用されているメタ分析パッケージからさまざまな出力モデルを読み取り、情報を整理し、結果をユーザー主導の対話型ダッシュボードに表示するのに十分な柔軟性を備えています。 このパッケージの主な機能は、最新の Web ベースのアプリケーションを表示して、生きている体系的なレビューを更新します。 このパッケージは、 R、 shiny (Chang et al. 2017) と knitr (Xie 2015) のパワーを組み合わせて、動的なレポートを取得し、最新のメタ分析結果をユーザー フレンドリに残します。 このパッケージは、教育介入をレビューする What Works クリアリングハウス (https://ies.ed.gov/ncee/WWC/) 、キャンベル コラボレーション https://www.campbellcollaboration.org など、社会的および刑事的な正義の問題、その他多くのソーシャル サイエンストピック、環境証拠のコラボレーション (http://www.environmentalevidence.org) や食品生産とセキュリティ (http://www.syreaf.org) などのトピックに関するレビューを含む、体系的なレビューを実施し、更新する多数のグループによって使用される可能性があります。
Chang、Winston、Joe Cheng、JJ Allaire、Yihui Xie、Jonathan McPherson を参照します。 2017。 Shiny: Web Application Framework for R. https://CRAN.R-project.org/package=shiny。
Elliott、Julian H、Tari Turner、Ornella Clavisi、James Thomas、Julian PT Higgins、Chris Mavergames、および Thomas L Gruen。 を参照してください。 「体系的なレビューを生きる:証拠と実践のギャップを狭める新たな機会」 PLoS Med 11 (2)。 科学の公共図書館: e1001603.
シュヴァルツァー、Guido。 2007. "メタ: メタ分析用の R パッケージ。" R ニュース 7 (3): 40 ~ 45。
ヴィヒトバウアー、ヴォルフガング。 2010. 「metafor Package を使用した R でのメタ分析の実施」 統計ソフトウェアのジャーナル 36 (3): 1-48. http://www.jstatsoft.org/v36/i03/.
Xie、Yihui。 2015。 R とニットを使用した動的ドキュメント。 Vol. 29. CRC を押します。
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