Microsoft Genomics: Perguntas comuns

No ficheiro de config.txt do serviço Microsoft Genomics, especifique o process_name para gatk4. Tenha em atenção que será faturado a taxas de faturação regulares.

Pode comprimir a saída vcf ou gvcf com um argumento opcional para compressão de saída. Isto é equivalente à execução -bgzip seguida pela -tabix saída vcf ou gvcf, para produzir .gz (saída bgzip) e .tbi (saída do tabix). bgzip comprime o ficheiro vcf ou gvcf e tabix cria um índice para o ficheiro comprimido. O argumento é um valor booleano, que está definido como false por predefinição para a saída do vcf e para true , por predefinição, para o resultado do gcvf. Para utilizar na linha de comandos, especifique -bz ou --bgzip-output como true (execute bgzip e tabix) ou false. Para utilizar este argumento no ficheiro config.txt, adicione bgzip_output: true ou bgzip_output: false ao ficheiro.

Garantimos que 99,9% das vezes o serviço Microsoft Genomics estará disponível para receber pedidos de API de fluxo de trabalho. Para obter mais informações, veja SLA.

Faturas do Microsoft Genomics com base no número de gigabases processados por fluxo de trabalho. Para obter mais informações, veja os Preços.

Pode obter uma lista completa de comandos e argumentos disponíveis ao executar msgen help. Se não forem fornecidos mais argumentos, mostra uma lista de secções de ajuda disponíveis, uma para cada um dos submit, list, cancele status. Para obter ajuda para um comando específico, escreva msgen help command; por exemplo, msgen help submit lista todas as opções de submissão.

Os comandos mais utilizados são argumentos para o msgen cliente:

Aceda a portal do Azure e abra a página da sua conta do Genomics. No cabeçalho Gestão , selecione Chaves de acesso. Aí, encontrará o URL da API e as chaves de acesso.

Aceda a portal do Azure e abra a página da sua conta do Genomics. No cabeçalho Gestão , selecione Chaves de acesso. Aí, encontrará o URL da API e as chaves de acesso.

Precisa de duas chaves de acesso para o caso de pretender atualizá-las (regenerar) sem interromper a utilização do serviço. Por exemplo, se quiser atualizar a primeira chave, deverá ter todos os novos fluxos de trabalho a utilizar a segunda chave. Em seguida, aguarde até que todos os fluxos de trabalho que utilizam a primeira chave sejam concluídos antes de atualizar a primeira chave.

A chave da conta de armazenamento é utilizada para criar tokens de acesso de curto prazo para o serviço Microsoft Genomics ler os seus ficheiros de entrada e escrever os ficheiros de saída. A duração do token predefinida é de 48 horas. A duração do token pode ser alterada com a opção -sas/--sas-duration do comando submeter; o valor é em horas.

N.º O Microsoft Genomics não armazena dados de clientes.

Estas referências são suportadas:

O msgen compreende os ficheiros de configuração no seguinte formato:

• Todas as opções são fornecidas como pares chave-valor com valores separados de chaves por dois pontos. O espaço em branco é ignorado.

• As linhas que começam com # são ignoradas.

• Qualquer argumento de linha de comandos no formato longo pode ser convertido numa chave, despojando os seus traços principais e substituindo traços entre palavras por carateres de sublinhado. Eis alguns exemplos de conversão:

  Argumento da linha de comandos	Linha de ficheiros de configuração
  -u/--api-url-base https://url	api_url_base:https://url
  -k/--access-key KEY	access_key:KEY
  -pa/--process-args R=B37m1	process_args:R-b37m1

Passos seguintes

Utilize os seguintes recursos para começar a utilizar o Microsoft Genomics:

• Comece por executar o seu primeiro fluxo de trabalho através do serviço Microsoft Genomics. Executar um fluxo de trabalho através do serviço Microsoft Genomics
• Submeta os seus próprios dados para processamento pelo serviço Microsoft Genomics: FASTQ | | BAM MultiFASTQ emparelhado ou BAM