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Guia de resolução de problemas

  • Artigo

Seguem-se algumas sugestões de resolução de problemas para alguns dos problemas comuns que poderá enfrentar ao utilizar o serviço Microsoft Genomics, MSGEN.

Para FAQ, não relacionadas com a resolução de problemas, veja Perguntas comuns.

Passo 1: localizar códigos de erro associados ao fluxo de trabalho

Pode localizar as mensagens de erro associadas ao fluxo de trabalho ao:

  1. Utilizar a linha de comandos e escrever em msgen status
  2. Examinar o conteúdo de standardoutput.txt.

1. Utilizar a linha de comandos msgen status

msgen status -u URL -k KEY -w ID

Existem três argumentos necessários:

  • URL – o URI base da API

  • KEY - a chave de acesso da sua conta do Genomics

    • Para localizar o URL e a CHAVE, aceda a portal do Azure e abra a página da sua conta do Microsoft Genomics. No cabeçalho Gestão , selecione Chaves de acesso. Aí, encontrará o URL da API e as chaves de acesso.

  • ID – o ID do fluxo de trabalho

    • Para localizar o seu ID de fluxo de trabalho, escreva no msgen list comando. Partindo do princípio de que o ficheiro de configuração contém o URL e as chaves de acesso e está localizado na mesma localização que o msgen exe, o comando terá o seguinte aspeto:

      msgen list -f "config.txt"

      O resultado deste comando terá o seguinte aspeto:

          Microsoft Genomics command-line client v0.7.4
        Copyright (c) 2018 Microsoft. All rights reserved.

        Workflow List
        -------------
        Total Count  : 1

        Workflow ID     : 10001
        Status          : Completed successfully
        Message         :
        Process         : snapgatk-20180730_1
        Description     :
        Created Date    : Mon, 27 Aug 2018 20:27:24 GMT
        End Date        : Mon, 27 Aug 2018 20:55:12 GMT
        Wall Clock Time : 0h 27m 48s
        Bases Processed : 1,348,613,600 (1 GBase)

    Nota

    Em alternativa, pode incluir o caminho para o ficheiro de configuração em vez de introduzir diretamente o URL e a CHAVE. Se incluir estes argumentos na linha de comandos, bem como o ficheiro de configuração, os argumentos da linha de comandos terão precedência.

Para o ID do fluxo de trabalho 1001 e config.txt ficheiro colocado no mesmo caminho que o executável msgen, o comando terá o seguinte aspeto:

msgen status -w 1001 -f "config.txt"

2. Examine o conteúdo da standardoutput.txt

Localize o contentor de saída do fluxo de trabalho em questão. O MSGEN cria uma pasta após [workflowfilename].logs.zip cada execução de fluxo de trabalho. Deszipe a pasta para ver os respetivos conteúdos:

  • outputFileList.txt - uma lista dos ficheiros de saída produzidos durante o fluxo de trabalho
  • standarderror.txt - este ficheiro está em branco.
  • standardoutput.txt - regista todas as mensagens de estado de nível superior, incluindo erros, que ocorreram durante a execução do fluxo de trabalho.
  • Ficheiros de registo do GATK – todos os outros ficheiros na logs pasta

Para resolução de problemas, examine o conteúdo do standardoutput.txt e anote as mensagens de erro apresentadas.

Esta secção destaca resumidamente os erros comuns de saída do serviço Microsoft Genomics (msgen) e as estratégias que pode utilizar para os resolver.

O serviço Microsoft Genomics (msgen) pode gerar os seguintes dois tipos de erros:

  1. Erros internos do Serviço: erros internos no serviço que podem não ser resolvidos ao corrigir parâmetros ou ficheiros de entrada. Por vezes, voltar a submeter o fluxo de trabalho pode corrigir estes erros.
  2. Erros de Entrada: erros que podem ser resolvidos através dos argumentos corretos ou da correção de formatos de ficheiro.

1. Erros de serviço interno

Um erro de serviço interno não é acionável pelo utilizador. Pode voltar a submeter o fluxo de trabalho, mas se isso não funcionar, contacte o suporte do Microsoft Genomics

Mensagem de erro Passos de resolução de problemas recomendados
Ocorreu um erro interno. Experimente voltar a submeter o fluxo de trabalho. Se vir este erro novamente, contacte o suporte do Microsoft Genomics para obter assistência Submeta o fluxo de trabalho novamente. Contacte o suporte do Microsoft Genomics para obter assistência se o problema persistir ao criar um pedido de suporte.

2. Erros de entrada

Estes erros são acionáveis pelo utilizador. Com base no tipo de ficheiro e no código de erro, o serviço Microsoft Genomics produz códigos de erro distintos. Siga os passos de resolução de problemas recomendados listados abaixo.

Tipo de ficheiro Código de erro Mensagem de erro Passos de resolução de problemas recomendados
Qualquer 701 Read [readId] tem bases [numberOfBases], mas o limite é [maxReadLength] O motivo mais comum para este erro é a corrupção de ficheiros que leva à concatenação de duas leituras. Verifique os seus ficheiros de entrada.
BAM 200 Não é possível ler o ficheiro "[yourFileName]". Verifique o formato do ficheiro BAM. Submeta o fluxo de trabalho novamente com um ficheiro devidamente formatado.
BAM 201 Não é possível ler o ficheiro BAM [File_name]. Verifique o formato do ficheiro BAM. Submeta o fluxo de trabalho com um ficheiro corretamente formatado.
BAM 202 Não é possível ler o ficheiro BAM [File_name]. Ficheiro demasiado pequeno e cabeçalho em falta. Verifique o formato do ficheiro BAM. Submeta o fluxo de trabalho com um ficheiro corretamente formatado.
BAM 203 Não é possível ler o ficheiro BAM [File_name]. O cabeçalho do ficheiro estava danificado. Verifique o formato do ficheiro BAM. Submeta o fluxo de trabalho com um ficheiro corretamente formatado.
BAM 204 Não é possível ler o ficheiro BAM [File_name]. O cabeçalho do ficheiro estava danificado. Verifique o formato do ficheiro BAM. Submeta o fluxo de trabalho com um ficheiro corretamente formatado.
BAM 205 Não é possível ler o ficheiro BAM [File_name]. O cabeçalho do ficheiro estava danificado. Verifique o formato do ficheiro BAM. Submeta o fluxo de trabalho com um ficheiro corretamente formatado.
BAM 206 Não é possível ler o ficheiro BAM [File_name]. O cabeçalho do ficheiro estava danificado. Verifique o formato do ficheiro BAM. Submeta o fluxo de trabalho com um ficheiro corretamente formatado.
BAM 207 Não é possível ler o ficheiro BAM [File_name]. Ficheiro truncado perto de desvio [desvio]. Verifique o formato do ficheiro BAM. Submeta o fluxo de trabalho com um ficheiro corretamente formatado.
BAM 208 Ficheiro BAM inválido. O ReadID [Read_Id] não tem sequência no ficheiro [File_name]. Verifique o formato do ficheiro BAM. Submeta o fluxo de trabalho com um ficheiro corretamente formatado.
FASTQ 300 Não é possível ler o ficheiro FASTQ. [File_name] não termina com uma nova linha. Corrija o formato do ficheiro FASTQ e submeta o fluxo de trabalho novamente.
FASTQ 301 Não é possível ler o ficheiro FASTQ [File_name]. O registo FASTQ é maior do que o tamanho da memória intermédia no desvio: [_offset] Corrija o formato do ficheiro FASTQ e submeta o fluxo de trabalho novamente.
FASTQ 302 Erro de sintaxe FASTQ. O ficheiro [File_name] tem uma linha em branco. Corrija o formato do ficheiro FASTQ e submeta o fluxo de trabalho novamente.
FASTQ 303 Erro de sintaxe FASTQ. O ficheiro[File_name] tem um caráter inicial inválido no desvio: [_offset], tipo de linha: [line_type], caráter: [_char] Corrija o formato do ficheiro FASTQ e submeta o fluxo de trabalho novamente.
FASTQ 304 Erro de sintaxe FASTQ no readID [_ReadID]. A primeira leitura do lote não tem readID a terminar em /1 no ficheiro [File_name] Corrija o formato do ficheiro FASTQ e submeta o fluxo de trabalho novamente.
FASTQ 305 Erro de sintaxe FASTQ no readID [_readID]. A segunda leitura do lote não tem readID a terminar em /2 no ficheiro [File_name] Corrija o formato do ficheiro FASTQ e submeta o fluxo de trabalho novamente.
FASTQ 306 Erro de sintaxe FASTQ no readID [_ReadID]. A primeira leitura do par não tem um ID que termine em /1 no ficheiro [File_name] Corrija o formato do ficheiro FASTQ e submeta o fluxo de trabalho novamente.
FASTQ 307 Erro de sintaxe FASTQ no readID [_ReadID]. O ReadID não termina com /1 ou/2. O ficheiro [File_name] não pode ser utilizado como um ficheiro FASTQ emparelhado. Corrija o formato do ficheiro FASTQ e submeta o fluxo de trabalho novamente.
FASTQ 308 Erro de leitura FASTQ. As leituras de ambas as extremidades responderam de forma diferente. Escolheu os ficheiros FASTQ corretos? Corrija o formato do ficheiro FASTQ e submeta o fluxo de trabalho novamente.

Passo 3: Contactar o suporte do Microsoft Genomics

Se continuar a ter falhas no trabalho ou se tiver outras perguntas, contacte o suporte do Microsoft Genomics a partir do portal do Azure. Pode encontrar informações adicionais sobre como submeter um pedido de suporte aqui.

Passos seguintes

Neste artigo, aprendeu a resolver problemas comuns com o serviço Microsoft Genomics. Para obter mais informações e FAQ mais gerais, veja Perguntas comuns.