タグは Microsoft によって監視されません。
>$select で明示的に指定する必要がある
この点が抜けていました。ありがとうございます。
調べたところ$Filterをサポートしているとの事でしたので、$Filterを指定しました。
Get-Mguser -All | Where-Object {$_.OnPremisesSyncEnabled -eq $true}と記述して上手くいかなかったところ、Get-Mguser -All -Filter "OnPremisesSyncEnabled eq true"と記述することで、オンプレミスと同期しているユーザーを抽出することが出来ました。