Analiz iş yüklerinde DICOM verilerini kullanmaya başlama

Bu makalede, Azure Data Factory ve Microsoft Fabric ile analiz iş yüklerinde DICOM® verilerini kullanmaya başlama açıklanmaktadır.

Önkoşullar

Başlamadan önce şu adımları tamamlayın:

• Hiyerarşik ad alanını etkinleştirerek Azure Data Lake Storage 2. Nesil özelliklere sahip bir depolama hesabı oluşturun:
  • DICOM meta verilerini depolamak için örneğin adlı dicombir kapsayıcı oluşturun.
• DICOM hizmetinin bir örneğini dağıtma.
  • (İsteğe bağlı) DICOM dosyalarına doğrudan erişimi etkinleştirmek için DICOM hizmetini Data Lake Depolama ile dağıtın.
• Data Factory örneği oluşturma:
  • Sistem tarafından atanan yönetilen kimliği etkinleştirin.
• Fabric'te bir göl evi oluşturun.
• DICOM hizmeti ve Data Lake Storage 2. Nesil depolama hesabı için Data Factory sistem tarafından atanan yönetilen kimliğe rol atamaları ekleyin:
  • DICOM hizmetine izin vermek için DICOM Veri Okuyucusu rolünü ekleyin.
  • Data Lake Storage 2. Nesil hesabına izin vermek için Depolama Blob Veri Katkıda Bulunanı rolünü ekleyin.

DICOM hizmeti için Data Factory işlem hattı yapılandırma

Bu örnekte, Data Factory işlem hattı örnekler, seriler ve çalışmalar için DICOM özniteliklerini Delta tablo biçiminde bir depolama hesabına yazmak için kullanılır.

Başlamak için Azure portalından Data Factory örneğini açın ve Studio'yu başlat'ı seçin.

Bağlı hizmetler oluşturma

Data Factory işlem hatları veri kaynaklarından okur ve genellikle diğer Azure hizmetleri olan veri havuzlarına yazar. Diğer hizmetlere yönelik bu bağlantılar bağlı hizmetler olarak yönetilir.

Bu örnekteki işlem hattı, DICOM hizmetinden verileri okur ve çıkışını bir depolama hesabına yazar, bu nedenle her ikisi için de bağlı hizmet oluşturulmalıdır.

DICOM hizmeti için bağlı hizmet oluşturma

1. Azure Data Factory Studio'da soldaki menüden Yönet'i seçin. Bağlan ions altında Bağlı hizmetler'i ve ardından Yeni'yi seçin.

   

2. Yeni bağlı hizmet bölmesinde REST'i arayın. REST kutucuğunu ve ardından Devam'ı seçin.

   

3. Bağlı hizmet için bir Ad ve Açıklama girin.

   

4. Temel URL alanına DICOM hizmetinizin hizmet URL'sini girin. Örneğin, çalışma alanında contosohealth adlı contosoclinic bir DICOM hizmeti hizmet URL'sine https://contosohealth-contosoclinic.dicom.azurehealthcareapis.comsahiptir.

5. Kimlik doğrulama türü için Sistem Tarafından Atanan Yönetilen Kimlik'i seçin.

6. AAD kaynağı için girinhttps://dicom.healthcareapis.azure.com. Bu URL tüm DICOM hizmet örnekleri için aynıdır.

7. Gerekli alanları doldurduktan sonra kimliğin rollerinin doğru yapılandırıldığından emin olmak için Bağlantıyı sına'yı seçin.

8. Bağlantı testi başarılı olduğunda Oluştur'u seçin.

Azure Data Lake Storage 2. Nesil için bağlı hizmet oluşturma

1. Data Factory Studio'da soldaki menüden Yönet'i seçin. Bağlan ions altında Bağlı hizmetler'i ve ardından Yeni'yi seçin.

2. Yeni bağlı hizmet bölmesinde Azure Data Lake Storage 2. Nesil arayın. Azure Data Lake Storage 2. Nesil kutucuğunu ve ardından Devam'ı seçin.

   

3. Bağlı hizmet için bir Ad ve Açıklama girin.

   

4. Kimlik doğrulama türü için Sistem Tarafından Atanan Yönetilen Kimlik'i seçin.

5. Depolama hesabının URL'sini el ile girerek depolama hesabı ayrıntılarını girin. İsterseniz açılan listelerden Azure aboneliğini ve depolama hesabını seçebilirsiniz.

6. Gerekli alanları doldurduktan sonra kimliğin rollerinin doğru yapılandırıldığından emin olmak için Bağlantıyı sına'yı seçin.

7. Bağlantı testi başarılı olduğunda Oluştur'u seçin.

DICOM verileri için işlem hattı oluşturma

Data Factory işlem hatları, DICOM meta verilerini Delta tablolarına kopyalama gibi bir görevi gerçekleştiren etkinliklerden oluşan bir koleksiyonlardır. Bu bölümde, DICOM hizmetine veri eklendikçe, içinde güncelleştirildikçe ve dicom hizmetinden silindikçe DICOM verilerini Delta tablolarına düzenli olarak eşitleyen bir işlem hattı oluşturma işlemi ayrıntılı olarak anlatılır.

1. Soldaki menüden Yazar'ı seçin. Fabrika Kaynakları bölmesinde artı işaretini (+) seçerek yeni bir kaynak ekleyin. İşlem Hattı'nı ve ardından menüden Şablon galerisi'ni seçin.

   

2. Şablon galerisinde DICOM için arama yapın. DICOM Meta Veri Değişikliklerini AdLS 2. Nesil'e Delta Biçiminde Kopyala kutucuğunu ve ardından Devam'ı seçin.

   

3. Girişler bölümünde DICOM hizmeti ve Data Lake Storage 2. Nesil hesabı için daha önce oluşturulmuş bağlı hizmetleri seçin.

   

4. Yeni işlem hattını oluşturmak için Bu şablonu kullan'ı seçin.

DICOM verileri için işlem hattı oluşturma

DICOM hizmetini Azure Data Lake Depolama ile oluşturduysanız meta veri işlem hattına yeni fileName bir parametre eklemek için özel bir şablon kullanmanız gerekir. Şablon galerisindeki şablonu kullanmak yerine işlem hattını yapılandırmak için bu adımları izleyin.

1. Şablonu GitHub'dan indirin. Şablon dosyası sıkıştırılmış (sıkıştırılmış) bir klasördür. Dosyaları zaten sıkıştırılmış biçimde karşıya yüklendikleri için ayıklamanız gerekmez.

2. Azure Data Factory'de soldaki menüden Yazar'ı seçin. Fabrika Kaynakları bölmesinde artı işaretini (+) seçerek yeni bir kaynak ekleyin. İşlem Hattı'nın ardından İşlem hattı şablonundan içeri aktar'ı seçin.

3. Aç penceresinde indirdiğiniz şablonu seçin. Aç'ı seçin.

4. Girişler bölümünde DICOM hizmeti ve Azure Data Lake Storage 2. Nesil hesabı için oluşturulan bağlı hizmetleri seçin.

   

5. Yeni işlem hattını oluşturmak için Bu şablonu kullan'ı seçin.

İşlem hattı zamanlama

İşlem hatları tetikleyiciler tarafından zamanlanır. Farklı tetikleyici türleri vardır. Zamanlama tetikleyicileri işlem hatlarının duvar saati zamanlaması ile tetiklenmelerine olanak tanır. Bu, işlem hatlarının günün belirli saatlerinde(örneğin, her saat veya her gece yarısı) çalıştırıldığı anlamına gelir. El ile tetiklenen tetikleyiciler isteğe bağlı işlem hatlarını tetikler; bu da istediğiniz zaman çalıştırıldığı anlamına gelir.

Bu örnekte, bir başlangıç noktası ve düzenli zaman aralığı verilen işlem hattını düzenli aralıklarla çalıştırmak için atlayan bir pencere tetikleyicisi kullanılır. Tetikleyiciler hakkında daha fazla bilgi için bkz . Azure Data Factory veya Azure Synapse Analytics'te işlem hattı yürütme ve tetikleyiciler.

Yeni atlayan pencere tetikleyicisi oluşturma

1. Soldaki menüden Yazar'ı seçin. DICOM hizmetinin işlem hattını seçin ve menü çubuğundan Tetikleyici ekle ve Yeni/Düzenle'yi seçin.

   

2. Tetikleyici ekle bölmesinde Tetikleyiciseç açılan listesini ve ardından Yeni'yi seçin.

3. Tetikleyici için bir Ad ve Açıklama girin.

   

4. Tür olarak Atlayan pencere'yi seçin.

5. Saatlik olarak çalışan bir işlem hattını yapılandırmak için Yinelenme'yi 1 Saat olarak ayarlayın.

6. Gelişmiş bölümünü genişletin ve 15 dakikalık bir Gecikme girin. Bu ayar, işlemden önce bir saatin sonundaki bekleyen işlemlerin tamamlanmasını sağlar.

7. Tablolar arasında tutarlılık sağlamak için En fazla eşzamanlılık değerini 1 olarak ayarlayın.

8. Tetikleyici çalıştırma parametrelerini yapılandırmaya devam etmek için Tamam'ı seçin.

Tetikleyici çalıştırma parametrelerini yapılandırma

Tetikleyiciler bir işlem hattının ne zaman çalıştırılacağını tanımlar. Ayrıca işlem hattı yürütmesine geçirilen parametreleri de içerir. DICOM Meta Veri Değişikliklerini Deltaya Kopyala şablonu, aşağıdaki tabloda açıklanan birkaç parametreyi tanımlar. Yapılandırma sırasında hiçbir değer sağlanmazsa, listelenen varsayılan değer her parametre için kullanılır.

Parametre adı	Açıklama	Default value
Batchsize	Değişiklik akışından bir kerede alınacak en fazla değişiklik sayısı (en fazla 200)	200
ApiVersion	Azure DICOM hizmetinin API sürümü (en az 2)	2
StartTime	DICOM değişiklikleri için kapsayıcı başlangıç saati	0001-01-01T00:00:00Z
EndTime	DICOM değişiklikleri için özel bitiş zamanı	9999-12-31T23:59:59Z
ContainerName	Elde edilen Delta tablolarının kapsayıcı adı	dicom
InstanceTablePath	Kapsayıcı içindeki DICOM SOP örnekleri için Delta tablosunu içeren yol	instance
SeriesTablePath	Kapsayıcı içindeki DICOM serisi için Delta tablosunu içeren yol	series
StudyTablePath	Kapsayıcı içindeki DICOM çalışmaları için Delta tablosunu içeren yol	study
RetentionHours	Delta tablolarındaki veriler için saat cinsinden maksimum saklama süresi	720

1. Tetikleyici Çalıştırma Parametreleri bölmesinde, önkoşullarda oluşturulan depolama kapsayıcısının adıyla eşleşen ContainerName değerini girin.

   

2. StartTime için sistem değişkenini @formatDateTime(trigger().outputs.windowStartTime)kullanın.

3. EndTime için sistem değişkenini @formatDateTime(trigger().outputs.windowEndTime)kullanın.

   Not

   Yalnızca atlayan pencere tetikleyicileri sistem değişkenlerini destekler:

   • @trigger().outputs.windowStartTime Ve
   • @trigger().outputs.windowEndTime

   Zamanlama tetikleyicileri farklı sistem değişkenleri kullanır:

   • @trigger().scheduledTime Ve
   • @trigger().startTime

   Tetikleyici türleri hakkında daha fazla bilgi edinin.

4. Yeni tetikleyiciyi oluşturmak için Kaydet'i seçin. Tetikleyicinizin tanımlı zamanlamaya göre çalışmaya başlaması için Yayımla'yı seçin.

   

Tetikleyici yayımlandıktan sonra Şimdi tetikle seçeneği kullanılarak el ile tetiklenebilir. Başlangıç saati geçmişteki bir değer için ayarlandıysa işlem hattı hemen başlar.

İşlem hattı çalıştırmalarını izleme

Tetikleyici çalıştırmalarını ve ilişkili işlem hattı çalıştırmalarını İzleyici sekmesinden izleyebilirsiniz . Burada, her işlem hattının ne zaman çalıştığına ve çalıştırılmasının ne kadar sürdüğüne göz atabilirsiniz. Ayrıca ortaya çıkabilecek sorunlarda hata ayıklama da yapabilirsiniz.

Microsoft Fabric

Doku, Microsoft OneLake'in üzerinde yer alan hepsi bir arada analiz çözümüdür. Fabric lakehouse kullanarak OneLake'teki verileri tek bir konumda yönetebilir, yapılandırabilir ve analiz edebilirsiniz. Data Lake Storage 2. Nesil'e yazılan OneLake dışındaki tüm veriler, Doku'nun araç paketinden yararlanmak için kısayollar olarak OneLake'e bağlanabilir.

Meta veri tablolarına kısayollar oluşturma

1. Önkoşullarda oluşturulan lakehouse'a gidin. Gezgin görünümünde Tablolar klasörünün yanındaki üç nokta menüsünü (...) seçin.

2. DICOM analiz verilerini içeren depolama hesabına yeni bir kısayol oluşturmak için Yeni kısayol'u seçin.

   

3. Kısayol için kaynak olarak Azure Data Lake Storage 2. Nesil seçin.

   

4. Bağlan ayarları'nın altında Bağlı hizmetler bölümünde kullandığınız URL'yigirin.

   

5. Mevcut bir bağlantıyı seçin veya kullanmak istediğiniz Kimlik doğrulama türünü seçerek yeni bir bağlantı oluşturun.

   Not

   Data Lake Storage 2. Nesil ve Doku arasında kimlik doğrulaması için birkaç seçenek vardır. Kuruluş hesabı veya hizmet sorumlusu kullanabilirsiniz. Hesap anahtarlarının veya paylaşılan erişim imzası belirteçlerinin kullanılmasını önermiyoruz.

6. İleri'yi seçin.

7. Data Factory işlem hattı tarafından oluşturulan verileri temsil eden bir Kısayol Adı girin. Örneğin, Delta tablosu için instance kısayol adı büyük olasılıkla örnek olmalıdır.

8. Çalıştırma parametreleri yapılandırmasındaki parametreyle ContainerName eşleşen Alt Yolu ve kısayol için tablonun adını girin. Örneğin, /dicom/instance delta tablosu için kapsayıcıdaki dicom yolu instance kullanın.

9. Kısayolu oluşturmak için Oluştur'u seçin.

10. Kalan kısayolları depolama hesabındaki diğer Delta tablolarına eklemek için 2 ile 9 arasındaki adımları yineleyin (örneğin, series ve study).

Kısayolları oluşturduktan sonra, sütunların adlarını ve türlerini göstermek için tabloyu genişletin.

Dosyalar için kısayollar oluşturma

Data Lake Depolama ile dicom hizmeti kullanıyorsanız, veri gölünde depolanan DICOM dosya verileri için bir kısayol da oluşturabilirsiniz.

1. Önkoşullarda oluşturulan lakehouse'a gidin. Gezgin görünümünde, Dosyalar klasörünün yanındaki üç nokta menüsünü (...) seçin.

2. DICOM verilerini içeren depolama hesabına yeni bir kısayol oluşturmak için Yeni kısayol'u seçin.

   

3. Kısayol için kaynak olarak Azure Data Lake Storage 2. Nesil seçin.

   

4. Bağlan ayarları'nın altında Bağlı hizmetler bölümünde kullandığınız URL'yigirin.

   

5. Mevcut bir bağlantıyı seçin veya kullanmak istediğiniz Kimlik doğrulama türünü seçerek yeni bir bağlantı oluşturun.

6. İleri'yi seçin.

7. DICOM verilerini açıklayan bir Kısayol Adı girin. Örneğin, contoso-dicom-files.

8. DICOM hizmeti tarafından kullanılan depolama kapsayıcısının ve klasörünün adıyla eşleşen Alt Yolu girin. Örneğin, kök klasöre bağlanmak istiyorsanız Alt Yol /dicom/AHDS olacaktır. Kök klasörün her zaman AHDSolduğunu, ancak isteğe bağlı olarak belirli bir çalışma alanı veya DICOM hizmet örneği için bir alt klasöre bağlanabileceğinizi unutmayın.

9. Kısayolu oluşturmak için Oluştur'u seçin.

Not defterlerini çalıştırma

Tablolar göl evinde oluşturulduktan sonra Doku not defterlerinden sorgulayabilirsiniz. Menü çubuğundan Not Defterini Aç'ı seçerek doğrudan göl evinden not defterleri oluşturabilirsiniz.

Not defteri sayfasında, göl evi içeriği, yeni eklenen tablolar da dahil olmak üzere sol tarafta görüntülenebilir. Sayfanın üst kısmında not defterinin dilini seçin. Dil, tek tek hücreler için de yapılandırılabilir. Aşağıdaki örnekte Spark SQL kullanılır.

Spark SQL kullanarak tabloları sorgulama

Hücre düzenleyicisinde, deyimi gibi bir SELECT Spark SQL sorgusu girin.

SELECT * from instance

Bu sorgu, tablodaki tüm içeriği instance seçer. Hazır olduğunuzda, sorguyu çalıştırmak için Hücreyi çalıştır'ı seçin.

Birkaç saniye sonra, sorgu sonuçları burada gösterilen örnekte olduğu gibi hücrenin altındaki bir tabloda görünür. Spark bağlamının başlatılması gerektiğinden bu Spark sorgusu oturumdaki ilk sorguysa bu süre daha uzun olabilir.

Not defterlerindeki DICOM dosya verilerine erişme

İşlem hattını oluşturmak için şablonu kullandıysanız ve DICOM dosya verilerine bir kısayol oluşturduysanız, örnek meta verilerini dosya verileriyle ilişkilendirmek için tablodaki instance sütunu kullanabilirsinizfilePath.

SELECT sopInstanceUid, filePath from instance

Özet

Bu makalede şunların nasıl yapılacağını öğrendiniz:

• DICOM hizmetinden bir Data Lake Storage 2. Nesil hesabına işlem hattı oluşturmak için Data Factory şablonlarını kullanın.
• Saatlik bir zamanlamaya göre DICOM meta verilerini ayıklamak için bir tetikleyici yapılandırın.
• Depolama hesabındaki DICOM verilerini Fabric lakehouse'a bağlamak için kısayolları kullanın.
• Lakehouse'da DICOM verilerini sorgulamak için not defterlerini kullanın.

Sonraki adımlar

• Data Factory'deki işlem hatları ve etkinlikler
• Microsoft Fabric not defterlerini kullanma

Not

DICOM® , Tıbbi bilgilerin dijital iletişimleri ile ilgili Standartları yayınları için Ulusal Elektrik Üreticileri Birliği'nin tescilli ticari markasıdır.